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清代公文書起初沿用明制，例行公事使用題本，個人私事則用奏本。爾後，為加強君臣間之聯繫，歷康、雍、乾三朝，逐漸發展出一套由地方官員直接向皇帝奏報政務、私事及所見所聞的奏摺。
奏摺由具奏官員繕寫、封固、遞送京城，直呈皇帝，不必像題奏本章層層上奏。奏摺經皇帝批示後，發還原具奏人遵奉批示處理後，原摺繳回宮中懋勤殿儲存，故稱為「宮中檔奏摺」。雍正年間，軍機處成立後，經皇帝批閱的奏摺，發交軍機處謄抄副本備查，稱為「奏摺錄副」。
本院所藏宮中檔奏摺有十五萬餘件，包含康熙至宣統朝的漢文、滿文及滿漢合璧摺，由於內容豐富，又為地方官員直接向皇帝的稟報，並經皇帝硃批。不但是研究清代歷史的第一手資料，具有極高的史料價值，也是重要的文化遺產。